Hay informaciones que confirman la existencia de asentamientos humanos en La Calahorra y comarca del Marquesado en el Neolítico. Igualmente están documentados yacimientos de la Edad del Bronce, de la cultura El Argar, en la zona del Marquesado del Zenete, es probable la existencia de algún asentamiento al amparo del cerro en que actualmente se levanta el castillo.
Se sabe que fue ocupada por los fenicios, y que en época romana perteneció a la provincia Bastetania, en la que están encuadradas las zonas de Acci (Guadix) y Basti (Baza) y en la que se encuentra una población llamada Arcilasis que más tarde cambió su nombre por el de Alcala Horra (Castillo de las Peñas).
El poeta y diplomático Diego Hurtado de Mendoza en su obra Guerra de Granada dice que durante la etapa visigoda el Conde Don Julián fue dueño de la fortaleza de La Calahorra y otros castillos de la comarca, que en tiempos de los musulmanes pasaron a posesión de los Zenetes procedentes de Berbería.
En época del reino nazarí de Granada existía en esta comarca una rica actividad económica basada en la ganadería y el cultivo de cereales y moreras, base de una industria sedera. En la novela “El manuscrito carmesí”, Antonio Gala narra que en 1457 Enrique IV de Castilla, continuando las guerras seculares entre cristianos y musulmanes, en lucha contra Abu Nazar Said, abuelo de Boabdil y rey de Granada, se apoderó de Jaén. Entre las escaramuzas que siguieron, el Condestable Miguel Lucas de Iranzo en julio de 1462 atacó las poblaciones de Aldeire y La Calahorra «llevándose muchos prisioneros y riquezas», señal de una cierta importancia de estas poblaciones en aquella época.
En diciembre de 1489, durante la conquista del reino de Granada por los Reyes Católicos, Cidi Yahya Al Nayar, caudillo musulmán, entregó a los cristianos algunos lugares de la comarca del Zenete entre ellos La Calahorra.
Durante el reinado de Felipe II se produce la segunda sublevación de Las Alpujarras entre los años 1568 y 1571. En los relatos de Diego Hurtado de Mendoza y de Luis de Mármol Carvajal sobre esta guerra, La Calahorra es atacada por moriscos que vienen de La Alpujarra, causando graves daños a personas y bienes. Los habitantes cristianos se refugiaron en el castillo hasta que soldados procedentes de Guadix restablecieron el orden. A partir de este hecho La Calahorra, con su castillo, aparece como un importante centro de avituallamiento y estancia de las tropas que procedentes de Guadix se dirigen a La Alpujarra por el puerto de La Ragua, siendo el Marqués de Vélez el capitán que más tiempo permanece en el pueblo. El final de la sublevación supuso la requisa de bienes y propiedades de todos los moriscos y su expulsión y distribución por toda la península.
A excepción de las concernientes al castillo es difícil encontrar referencias a La Calahorra después de la expulsión de los moriscos. Los viajeros ingleses que recorren España en la segunda mitad del siglo XVIII y la primera del XIX, señalan en sus relatos que los caminos desde Granada hacia Almería y Murcia pasan por Guadix y Baza, sin mencionar los llanos del Marquesado, indicio de su estancamiento económico y sus malas comunicaciones.
Comunicaciones que mejoran con la construcción del tramo de la línea de ferrocarril Linares-Almería entre Guadix y Almería, inaugurado en el año 1895. En él se levantó la estación de La Calahorra, que facilitó sus comunicaciones con el resto de España. También se mejoran la carretera entre Guadix y Almería y los caminos que unen los pueblos del Marquesado y el que lleva a La Alpujarra.